Aquaponics refer to any system that combines conventional aquaculture  with hydroponics in a symbiotic environment. In normal aquaculture, excretions from the animals being raised can accumulate in the water, increasing toxicity. In an aquaponic system, water from an aquaculture system is fed to a hydroponic system where the by-products are broken down by nitrifying bacteria initially into nitrites and subsequently into nitrates that are utilized by the plants as nutrients. The water is then recirculated back to the aquaculture system.

早期設計訂造的魚菜共生系統

魚菜共生 - 養殖

一般魚菜共生都會使用淡水魚進行養殖，

最常見的例如：寶石魚、羅非魚、錦鯉等等，

但也有人使用淡水蝦和螯蝦。

魚菜共生 - 種植

許多植物都適合在魚菜共生系統上種植，但有一些植物因種植時需要的營養較多，在飼養密度高的魚菜共生系統中生長上才會良好。

所以在種植前都需要了解清楚準備種植的植物特性，

以及飼養的魚類品種，習性如何？怕不怕冷/熱？等...環境因素

另外就是計算需要多少條魚的排泄量才足夠讓該植物生長。

魚菜共生 - 硝化細菌 

是在魚菜共生中最重要的功能之一

在有氧的環境下將氨轉化成硝酸鹽，有效地降低對 魚類 / 其他水生生物 的毒性，並讓吸收營養的植物除去水中的硝酸鹽化合物。

氨是魚類等水生生物新陳代謝的產物，是通過排泄作用和魚腮持續的排放。雖然植物在水中可吸收一定程度的氨，但假如氨的濃度較高（通常介乎於 0.5 和 1 ppm 之間）是足以殺死 魚類 / 水生生物。

所以才需要硝化細菌作轉化的角色，以保障水體在安全的程度。

典型的魚菜共生系統組成部分：

• 飼養缸：飼養水生動物。

• 固體廢棄物沉典及生物過濾池：過濾水生動物的排泄物以 及 培養硝化細菌將氨、氮轉化為亞硝酸鹽、硝酸鹽供植物吸收。

(常見的桌上型魚菜共生系統都會把沉典池、生物過濾池和種植箱合拼在一起。)

最常見培養硝化細菌的是以：

• 陶粒
• 生物環
• 火山石

• 種植箱：栽種植物